No entanto, a convivência entre as comunidades judaica e cristã foi interrompida por crescentes movimentos de intolerância, intensificados a partir do século XIV, e culminou com a expulsão dos judeus decretada por D. Manuel I em 1496 e com as perseguições impostas pela Inquisição.

Apesar dessas adversidades, a herança judaica de Coimbra ainda é visível em vestígios materiais, como o recentemente identificado Mikveh, e em referências históricas que revelam a importância desta comunidade para a cidade. Iniciativas atuais têm procurado recuperar e celebrar essa memória, contribuindo para valorizar o papel dos judeus na construção da história e identidade de Coimbra.